Yhdistyksen tavoite on palauttaa Juojärvi siihen vedenkirkkauden tilaan, jossa muinaisjärvi on ollut vuosituhansien ajan ennen ihmistoiminnan vaikutuksia.

Tavoitteensa toteuttamiseksi yhdistys;

• kokoaa saatavissa olevia tietoja Juojärven tilasta ja siihen vaikuttavista tekijöistä sekä teettää tutkimuksia edellä mainittujen seikkojen selvittämiseksi
• neuvoo ja opastaa valuma-alueen asukkaita, teollisuuslaitoksia ja elinkeinon harjoittajia vähentämään järveen kohdistuvaa kuormitusta
• vaikuttaa viranomaisiin alueen käyttöä koskevien lupien ja suunnitelmien ekologisen kestävyyden varmistamiseksi
• toteuttaa hankkeita, joilla järven tilaa parannetaan
• ylläpitää yhteyttä vesiensuojelu- ja muihin viranomaisiin ja yhteisöihin.